肯尼亚国别经济评估显示，蒙巴萨港在2024年全球集装箱港口绩效指数（覆盖403个港口）中排第375位，低于2022年评估的326位、两年降49位，评估把港口拥堵、多头查验与系统停机列为效率低下的主因，并指出管理局十年内五换负责人影响长期投入。成本方面，中国至蒙巴萨20尺柜海运约2000美元，至内罗毕480公里内陆段再加850至1250美元，单位公里成本高于欧洲同类，肯尼亚正把检查站由22至27个压减至最多5个。